Desde antiguo se conoce la ocupación humana de esta zona. Fue descubierta una necrópolis prehistórica, en la zona conocida como Umbría Tinajas, perteneciente al bronce argárico, fechado en el II milenio a.C., se encontró en 1933 y excavada al final de los años 30.
Los restos encontrados están en el Museo Arqueológico de Granada. El origen del pueblo fue la ruta del pescado que unía Almuñécar con Granada que lo hacía por Lentegí y Venta Marina en época romana.
La primera noticia escrita sobre Lentegí corresponde al reinado de Abderramán III en el año 941. Su nombre árabe era Qazyaal-Intisa (que significa «la alegría») y evolucionó Alentexit, Lentexit, Lentexi y Lentegi, además hay constancia de que estaba compuesto por tres barrios:
El barrio de Lentexit o barrio Alto, el del Pilar o barrio bajo y el de Haarataljima, Cartagina o barrio de la Mezquita Aljama, con sus mezquitas, cementerios, etc.
Las aguas de riego provenían de Wadi-i-hama (Guardadamas) y había tres acequias cada una dirigida a un barrio. En el solar que ocupaba la mezquita Aljama (principal), se construyó en el S. XVI, la actual iglesia de estilo mudéjar (1543 a 1547).
Durante la guerra de los moriscos, el día 7 de marzo de 1570, el pueblo fue quemado y destruido por D. Antonio Luna con 200 soldados de Almuñécar, posteriormente los moriscos hicieron un fuerte en Lentegí y fue atacado nuevamente a finales de marzo por el capitán Antonio de Berrio. Tras la expulsión de los moriscos ese mismo año, en época de Felipe II, se repuebla en 1572 con 30 vecinos provenientes de otros reinos peninsulares como se recoge en los libros de apeos y asentamientos que se conservan en el Ayuntamiento y que constituyen un auténtico tesoro.La iglesia que también fue quemada se reconstruyó en el S. XVII, dejando sólo la nave central, puesto que primitivamente tenía tres naves. El Catastro del Marqués de la Ensenada de 1752, arroja para Lentegí 59 vecinos, 64 casas, 383,25 marjales de riego, 235 fanegas de secano, 20,5 obradas de viña, 1901 olivos y 141 morales.
A partir de los años 70 aproximadamente, con la llegada de los cultivos subtropicales y níspero, la vida del pueblo va cambiando paulatinamente. Hoy Lentegí es un pueblo eminentemente agrícola cuyo cultivo más importante es el níspero, seguido de otros cultivos subtropicales como el aguacate y el chirimoyo, aunque en menor medida se dan otros frutales (cítricos, peral, melocotoneros, etc), mención aparte para otro cultivo mediterráneo como el olivo.